管一切军政大权。杨秀清得以独揽大权，靠的就是军师一职。
因此，赖汉英颇受杨秀清猜忌。他的才干在于民政，军事指挥并非他的强项。
而清军那边，实际主持战斗的人是江忠源。他久经战阵，早在蓑衣渡之战时便已崭露头角。
赖汉英进攻南昌三个月，师老无功。清军的援军四处云集，总兵力已有一万九千人。
赖汉英虽然等来了援军，援军主将却是石祥祯。石祥祯是石达开的哥哥，与赖汉英一样是国宗提督军务。两人在职务上平级，石祥祯并不情愿服从赖汉英。
最要命的是，两人早些年便有个人矛盾。杨秀清明知两人有矛盾，故意派石祥祯到南昌援助赖汉英。
石祥祯会同石镇贞、韦俊等国宗提督军务，带来两万援军，却并未将其投入南昌战场，而是分兵掠取附近州县，美其名曰“剪其枝叶，坐困南昌”。
石祥祯明里支持赖汉英，暗里落井下石，向杨秀清发回密信，诬告赖汉英暗通官军，不想攻下南昌。
杨秀清明知石祥祯污告赖汉英，却仍令赖汉英自南昌撤围，严厉责备他久攻南昌不下。
此时，北伐军攻势受阻。杨秀清好大喜功，不愿召回北伐军，决定大力经营西征战场。他改令石达开出京，担任西征军统帅。
石达开虽然年纪轻轻，却自小闯荡江湖，颇读诗书，是太平军中难得的文武双全的帅才。
9月下旬，石达开抵达安庆，以安庆为西征军大本营，标志着太平军西征战略的转变。
西征不再是为了筹措粮草、攻敌必救，而是要重点占据沿江要点，争城略地，建设地方政权。
在此背景下，西征军主力自南昌撤围，兵分两路。一路进攻湖北，以武昌为主要目标，另一路进攻皖北，以庐州（今合肥）为主要目标。
25日，西征军大将林启荣攻下九江。
九江位居长江中游，是鄂、赣、皖三省水陆交通枢纽。太平军据有九江，下可以保卫安庆、屏护天京，上可以西取武汉，南下江西，北上安徽，实乃三省锁钥。
因为九江太过重要，故杨秀清特命林启荣留在九江镇守。林启荣之前是杨秀清的亲兵，名声不显。此次西征，杨秀清大胆起用林启荣，授予其士官正将军之职，随赖汉英西征。
此人忠勇坚忍，一克九江便开始加筑城墙，部署防御工事。
没想到，九江早就被吴捷盯上。他在天京活动两个多月，又是医治杨秀清的眼疾，又是为杨秀清训练卫队，又是争取陈承镕的奥援，终于如愿以偿得到九江。
林启荣一番努力，全都为吴捷作了嫁衣裳。